マルチチャンネル機能を使用することで可能です。

制約など、詳細については下記を参照してください。
GOT2000シリーズ接続マニュアル(三菱電機機器接続編)
GT Works3 Version1対応 (SH-081189-W)
「21章 マルチチャンネル機能」

GOT1000シリーズ接続マニュアル(三菱電機機器接続編) GT Works3対応
(SH-080838-AI)
「21章 マルチチャンネル機能」