GOTの機種により使用できるCFカードのフォーマット、容量が異なります。
1. GT16の場合
　 (1) FAT16でフォーマットしたCFカードは、最大2GBまで使用できます。
　 (2) FAT32でフォーマットしたCFカードは、最大32GBまで使用できます。
2. GT15、GT11の場合
　 (1) FAT16でフォーマットしたCFカードは、最大2GBまで使用できます。
　 (2) FAT32でフォーマットしたCFカードは、使用できません。

詳細については下記を参照してください。
GT Designer3 Version1 画面設計マニュアル(共通編) (SH-080836-AL)
「8.2章 メモリカード/USBメモリへデータを転送する」