三相変圧器に不平衡負荷がかかった場合、いずれの相も定格電流以下であれば寿命には影響ありません。
しかし、ある相が定格電流以上であれば、当然その相は過負荷運転となり他の相より絶縁物が早く劣化しますので変圧器の寿命は短くなります。

なお、三相の不平衡は高圧受電設備規程により、最大100kVAまでとし、不平衡率30%以下としてください。