GT SoftGOT2000でモニタする方法とSoftGOT-GOTリンク機能で
モニタする方法の違いは以下のとおりです。

・GT SoftGOT2000：GT SoftGOT2000用に作成したプロジェクトデータを使用してシーケンサと接続する
・SoftGOT-GOTリンク機能：GT SofｔGOT2000を接続しているGOT本体から
　プロジェクトデータ、リソースデータを読み込み、読み込んだデータを使ってシーケンサと通信をする

詳細については、下記を参照してください。
GT SoftGOT2000 Version1 操作マニュアル (SH-081193-W)
「4.12章 SoftGOT-GOTリンク機能」