「プロジェクトデータのGOTタイプが'GT SoftGOT2000'の設定と異なります」
と表示されるのは、プロジェクトデータのGOTタイプがGT SoftGOT2000でないためです。
GT Designer3 (GOT2000)でGOTタイプを変更してください。

◆GT Designer3 (GOT2000) Version1.100E以降の場合
1. [共通の設定]-[GOT機種設定]の機種をGT SoftGOT2000に変更