USBメモリは以下の用途に非対応です。
1. GOTへのCoreOSの書き込み
2. パッケージデータをデータストレージから直接起動

上記以外はSDメモリカードとUSBメモリを同じ用途で使用できます。

詳細については、下記を参照してください。
GT Designer3 (GOT2000) 画面設計マニュアル (SH-081219-V)
「4.1.2章 GOTに転送するデータの種類」
「4.5章 データストレージでデータを転送する」