BCN-P5999-0207 iQ Works Version2のインストール手順書に記載されている通り、
Windowsで動作している全てのアプリケーションを終了させてからインストールを行ってください。
また、iQ Works Version2をインストールするパソコンにウィルス対策ソフトがインストールされている場合、
ウィルス対策ソフトを一時停止する、ウィルス定義ファイルを最新にするなどの対応で問題を回避できることがあります。
上記で解決しない場合は、以下のテクニカルニュースを参考にしてください。

(1) GOT-D-0035
　　ウィルス対策ソフトウェアおよびセキュリティ対策ソフトウェア使用時のMELSOFT GT Works3インストールにおける注意事項
(2) FA-D-0210
　　第6世代Intel(R) Core(TM)プロセッサー搭載パソコンにMELSOFT製品がインストールできない場合の処置方法
(3) PLC-D-544
　　一部パソコンでMELSOFTがインストールできないときの操作方法について