バージョンに関係なく、GOT本体のOSが削除され、
GT DesignerからインストールしたバージョンのOSになります。

インストールする場合は、GOT本体のOSのバージョンを確認した上でインストールしてください。
GOT本体のOS、ROM_BIOSのバージョンは、
GOT本体の[ユーティリティメニュー]→[メモリ情報]で確認できます。
GT Designerをバージョンアップすることで新しいバージョンのOSをインストールできます。