FXCPUの機能拡張ボード、通信特殊アダプタを使ってCPU直接接続する際に
シーケンスプログラムによる設定は必要ありません。
以下の設定がされていないか確認の上、設定されていれば削除してください。

◆GX Works2の場合
　・無手順通信(RS命令)の削除
　・計算機リンク、簡易PC間リンク、並列リンクを設定しているプログラムの削除
　・通信パラメータ設定の削除
　・接続する機器に対応する特殊レジスターを0にする
　　FX3U、FX3UC：D8120、D8400、D8420
　　FX3G、FX3GC：D8120、D8400、D8420、D8370
　　FX3S：D8120、D8400
　　上記以外：D8120

詳細については、下記を参照してください。
FXシリーズ ユーザーズマニュアル [通信制御編] (JY997D13301)