GT SoftGOT3000の［設定］ダイアログで設定変更した内容は、再起動後の動作には反映されません。
GT SoftGOT3000の［設定］ダイアログで設定変更した内容は、開いているプロジェクトにのみ反映しており、プロジェクトデータには反映しません。

再起動後の動作にも反映したい場合、GT Designer3で設定を変更し、プロジェクトデータを保存して、再起動してください。