SDメモリカードへのアクセスを停止してから、SDメモリカードを取りはずしてください。
SDメモリカードへのアクセスを停止すると、電源OFFを行わずにSDメモリカードを取りはずせます。
SDメモリカードへのアクセスを停止する方法は、次の2つです。

(1)SDメモリカードの使用停止スイッチによる操作
　SDメモリカード使用停止スイッチを1秒以上押します。
　CARD LEDが消灯していることを確認します。

(2)特殊リレーによる操作
　SM606(SDメモリカード強制使用停止指示)をONします。
　CARD LEDが消灯している、またはSM607(SDメモリカード強制使用停止状態フラグ)がONしていることを確認します。

SDメモリカードの取りはずしの詳細は、下記マニュアルの「SDメモリカードの着脱」の「取りはずし手順」を参照してください。
MELSEC iQ-F FX5S/FX5UJ/FX5U/FX5UCユーザーズマニュアル(ハードウェア編)(SH-082451)

SDメモリカードへのアクセスを停止する方法の詳細は、下記マニュアルの「SDメモリカード強制停止」を参照してください。
MELSEC iQ-F FX5ユーザーズマニュアル(応用編)(JY997D54301)

※下欄[ドキュメント]-[番号]のリンクから該当マニュアルを参照できます。