GX Works3の"GX Works2プロジェクトを開く"を使用することで、
MELSEC-Qシリーズ(GX Works2形式)のプロジェクトをMELSEC iQ-Rシリーズ(GX Works3形式)に置き換えることができます。
なお、本機能を使用するには、最新のGX Works2がインストールされている必要があります。

詳細は下記を参照してください。
 GX Works3オペレーティングマニュアル(SH081214)
   付7 他形式プロジェクトからの置換え
       GX Works2形式プロジェクトからの置換え