GT Works3にシミュレート機能はあります。
GT Works3に同梱のGT Designer3をインストール時に、
シミュレート機能(GT Simulator3)が同時にインストールされます。
GT Designer3から連携起動、または、GT Simulator3単体での起動ができます。
※GT Simulator3を使用する時は、シーケンサCPUまたは
　接続機器シミュレータが必要です。
※接続機器シミュレータを使用する場合、
　別途GX Works3、GX Works2、GX Simulator、MT Developer2の
　いずれかを準備してください。(シミュレートするシーケンサCPUによって
　使用するソフトウェアが異なります)

GT Simulator3の詳細については、下記を参照してください。
GT Designer3 (GOT2000) 画面設計マニュアル (SH-081219-W)
「3. シミュレートする」
GT Simulator3 Version1 操作マニュアル GT Works3対応(SH-080845-AF)