オプションでバッテリを装着した際のGX Works3の設定から、[オプションバッテリ設定]で『装着あり』に設定する必要があります。
[オプションバッテリ設定]は、下記の操作で表示します。

GX Works3のナビゲーションウィンドウから[パラメータ]-[ユニット形名]-[CPUパラメータ]-[メモリ/デバイス設定]-[デバイス/ラベルメモリエリア設定]-[デバイス/ラベルメモリエリア容量設定]-[デバイス/ラベルメモリエリア設定]-[<詳細設定>]