ＧＸ　Ｗｏｒｋｓ２のＶｅｒｓｉｏｎ　１．５６Ｊより、１ファイル形式でプロジェクトを保存できるようになりました。
「プロジェクトの名前を付けて保存」の「１ファイル形式でプロジェクトを保存する」にて１つのプロジェクトで保存し
プロジェクトデータをコピーすることができます。
この方法で、プロジェクトデータをコピーすれば、ご質問のようなメッセージは表示されません。