GX Works3 Ver.1.115Vにて、ステートメントの仕様が変更となり、
デフォルトでは"ステートメント/ノートを周辺で追加する"はい"となり、
この状態の場合、一体ステートメントの背景色が無色(背景色)になりました。

・従来のプロジェクト(Ver.1.115V以前)
 

・現在のプロジェクト(Ver.1.115V以降)
 

元の背景色に戻したい場合、下記の設定を変更してください。
[ツール]-[オプション]より
プログラムエディタ→ラダーエディタ→コメント/動作設定内のステートメント/ノートを周辺で追加するをはい→いいえへ変更