ツリー上には「アプリケーション設定」メニューでチェックされているアプリケーションの設定のみが表示されます。必要なアプリケーションのチェック状態を更新してください。

また、アプリケーション設定にも表示されていない場合、アプリケーションがインストールされていない可能性があります。GENESIS64インストーラを実行して「Modify」メニューから必要なアプリケーションをインストールしてください。