GOT本体またはGT Designer3で時刻合わせの設定がされているか確認してください。
・GT27、GT25
　[ユーティリティ]メニューから[GOT基本設定]→[時間]→[時刻合わせ]
・GT21
　[ユーティリティ]メニューから[時計の表示/設定]→[時刻合わせ]
・GT Designer3
　◆GT Designer3 (GOT2000) Version1.100E以降の場合
　　[共通の設定]→[GOTセットアップ]→[基本設定]→[時刻設定]にて
　　[時刻設定を更新する]にチェック、[時刻合わせを使用する]にチェック、
　　[基準CH No.]と[トリガ種別]を設定します。

時刻合わせを設定してある場合、GOTは電源投入時に、シーケンサCPUの
時計データに合わせます。その後、トリガ種別で設定したタイミングで
GOT本体の内部タイマとシーケンサCPUの時計データを照合し、
シーケンサCPUの時計データに合わせます。
[トリガ種別]を[周期]に設定した場合、GOTの時計データの照合間隔は
指定した時間(1分～1440分)になります。