ALWAYS設定プログラムは電源ON後すぐに動作するため、停止をかけていただく必要があります。
RT ToolBox3のプロジェクトツリーから、対象となるプロジェクトの[オンライン]→[モニタ]→[動作モニタ]→[スロット状態]をダブルクリックします。
画面右下の[プログラム全停止]ボタンをクリックすると、起動条件がALWAYSに設定されているものも含めて、全スロットの停止を行うことができます。

停止を確認後、プログラムを開いてください。