以下の違いがあります。
(1) モーションSFCによる制御
　モーションコントローラでは複雑なサーボ制御をモーションCPU側のモーションSFCプログラムで、その他の機器制御をシーケンサCPU側のシーケンスプログラムで行うことができ、処理の分散化を図れます。
　一方、シンプルモーションユニットでは処理の分散はできませんが、高度で幅広いモーション制御をシーケンスプログラムだけで手軽に実現できます。

(2) 制御可能なサーボモータ軸数
　モーションコントローラは、最大32軸のサーボモータを制御できます。
　シンプルモーションユニットは、最大16軸のサーボモータを制御できます。